中心实验室前身为基因诊断中心，1999年王永福教授在院领导的支持下，经包头市科技局批准成立“包头市基因诊断中心”。2004年更名为中心实验室，通过原国家卫生部“临床基因诊断实验室”资质认证。2011年被自治区科技厅批准为“自治区自体免疫学重点实验室”，2015年被自治区和包头市党委组织部、科技厅和科协批准为自治区和包头市两级“转化医学与个体化医学院士专家工作站”。2017年获批自治区唯一“国家干细胞临床研究机构”。
实验室占地约1000m2，共有高级职称3人，中级职称5人；博士4人，硕士7人，本科3人；硕士研究生导师4人。拥有风湿免疫实验室、细胞生物学实验室、分子生物学实验室、分子免疫学实验室、BSL-2 级PCR分子诊断实验室等多个功能实验室。中心实验室现有固定资产1000余万，包括流式细胞仪、低温高速离心机、核酸提取仪、荧光显微镜、荧光实时定量PCR仪、活体成像化学发光检测仪等一系列精密仪器。
经过数年发展，中心实验室已形成了自体免疫性疾病机制研究、干细胞免疫调控机制分析等多个研究方向，共承担并参与68项国家级和省部级课题，其中承担国家自然科学基金12项。培养博士研究生5人、硕士研究生66人；发表论文200余篇，其中SCI收录30余篇，CA收录50余篇，参编著作10余部。
